Une fois sorti du pressoir et éventuellement refroidi (il ne faut pas travailler à une température supérieure à 10°), le moût est mis en fût ouvert pour déféquer. Cette opération consiste à obtenir la formation d'un chapeau de couleur brune (matières solides coagulées) à la surface du moût. Sous ce chapeau, le jus devenu limpide et dépourvu de la majorité des impuretés, est pompé et envoyé en cuve de fermentation.

Le moût va commencer à fermenter lentement en cuve fermée pour devenir cidre. La fermentation, transformation du sucre en alcool et gaz carbonique, doit se faire dans un chai frais (de 8 à 10° C) et doit être surveillée à l'aide d'un densimètre, petit appareil qui mesure la masse volumique du liquide ce qui permet de déterminer le taux de sucre résiduel. Un ou deux soutirages sont nécessaires pour clarifier le moût et stabiliser la fermentation à la densité recherchée. Dans un cidre brut la quantité de sucre est moins importante que dans un doux. La fermentation est donc un peu plus longue.